১৯৭১ সালের ১০ এপ্রিল মহান স্বাধীনতা সংগ্রামে তাজউদ্দীন আহমদের নেতৃত্বে গঠিত হয় মুজিবনগর সরকার। সেই বৈরী সময় তৎকালীন সরকারকে ১৭ এপ্রিল গার্ড অব অনার দিয়েছিলেন প্রধানমন্ত্রীর সাবেক উপদেষ্টা ড. তৌফিক-ই-ইলাহী চৌধুরী। মুক্তিযুদ্ধের ৯ মাসে মুজিবনগর সরকারে বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেছেন তিনি। এ কারণে তাকে স্বাধীনতার সম্মানসূচক বীর বিক্রম খেতাবও দেওয়া হয়। পরে তিনি যোগ দেন সরকারের প্রশাসন বিভাগে। এরপর চাকরি থেকে অব্যাহতি নেওয়ার আগ পর্যন্ত বাংলাদেশের আমলাতন্ত্রে প্রভাবশালী ভূমিকা রাখেন ড. চৌধুরী। ২০০৬ থেকে ২০০১ সাল পর্যন্ত আওয়ামী লীগ সরকারের আমলে তিনি জ্বালানি সচিবেরও দায়িত্ব পালন করেন। তবে অভিযোগ রয়েছে, এখান থেকেই তার দুর্নীতির যাত্রা শুরু।